Compongono l'arcipelago 1190 isole coralline poggiate su un basamento di roccia formatosi circa 60 milioni di anni fa nel corso dell'emersione di imponenti montagne dal fondo dell'Oceano Indiano.

Gli atolli naturali sono 26 e ognuno è formato da diverse centinaia di isole di cui solo alcune abitate. Nell'intero arcipelago le isole abitate sono circa 202 di cui circa un'ottantina sono adibite a villaggi turistici, le rimanenti sono deserte e talvolta costituite solo da un banco di sabbia in emersione. L'isola più grande è l'isola di Fua Mulaku situata nell'Atollo Gnaviyani nel sud dell'arcipelago.

Le isole sono situate sia nel centro degli atolli sia lungo la barriera oceanica che delimita l'atollo separandolo dalle profonde acque oceaniche e proteggendo le acque interne dalle mareggiate. Le barriere oceaniche sono interrotte da canali detti pass che permettono il ricambio delle acque interne dell'atollo determinando però forti correnti in entrata e in uscita. In aggiunta a ciò quasi tutte le isole sono circondate da una propria barriera corallina che costituisce una laguna interna.

Le isole sono formate da una base di sabbia bianca risultante dall'erosione della barriere coralline calcaree e non superano l'elevazione di 2 m s.l.m., sono prive di sorgenti di acqua dolce e solo nelle isole di dimensioni maggiori è possibile scavare dei pozzi per raccogliere l'acqua filtrata dagli strati di sabbia.

Nell'isola di Fua Mulaku si trovano dei laghi di acqua dolce.